Возрождение обители
17 июня 1991 года монастырь был передан Русской Православной Церкви, и по благословению Иувеналия (Тарасова), архиепископа Курского и Белгородского в разрушенную обитель приехали первые насельники. Игумен Иоасаф (Шибаев) и два монаха поселились в одной из полуразрушенных келий. В октябре в Рыльский монастырь был назначен наместником архимандрит Ипполит (Халин). 16 октября 1991 года на первом этаже Николаевского храма, в Георгиевской церкви, начались богослужения. Впоследствии этот храм освятили в честь иконы Божией Матери «Знамение» Курской Коренной.
Опытный духовник, немало лет прослуживший на Святой горе Афон, отец Ипполит начал восстановление храмов и возрождение духовной жизни обители. У доброго старца появились помощники, которые приняли постриг и образовали монашескую общину. В монастырь, едва затеплившийся молитвой, потянулись паломники со всей России и Ближнего Зарубежья. У заботливого пастыря для всех находилось время на духовное утешение и милосердие. Во время богослужений стены обустроенного и украшенного за короткое время Знаменского храма не вмещали всех молящихся.
В 1998 году началось восстановление Николаевского храма, большую помощь в котором оказали работники Курской АЭС. На второй этаж поднялась лестница, новую крышу и купола покрыли медью. Помещение было оштукатурено внутри, а 12 ноября 1998 года на куполе был установлен новый крест. С декабря 1999 года здесь стали совершать богослужения.
В этом же году началось восстановление монастырской ограды, установлены арочные въездные врата в западной ее части, произведен капитальный ремонт братского и игуменского корпусов. В течение последующих лет на территории монастыря построены трапезная с кухней, новая баня, пекарня, гаражи, погреба, сельскохозяйственные помещения. Монастырь создал подсобное хозяйство. На подворье появились козы, коровы и лошади, пчелы. При Свято-Николаевском мужском монастыре на территории Рыльского района были организованы пять скитов. В 2000 году началось возведение нового гостиничного корпуса.
Восстановительные работы, нелегкие в наше время, тяготы и заботы подорвали здоровье отца Ипполита. Батюшка скончался после тяжелой болезни 17 декабря 2002 года, его похороны состоялись 19декабря, в день памяти святителя Николая, архиепископа Мир Ликийских, Чудотворца, которого очень почитал отец Ипполит при жизни. Множество народа приехало проводить доброго пастыря в последний земной путь. На его могиле рядом с Николаевским храмом установлен бронзовый крест, всегда горит лампада, лежат цветы.
Весной 2003 года наместником монастыря был назначен игумен Моисей (Матюхин), при котором был росписан нижний Знаменский храм. В феврале 2005 года братию монастыря возглавил игумен Панкратий (Заикин), выпускник Курской духовной семинарии, до этого бывший насельником Рождества Пресвятой Богородицы Коренной пустыни. При отце Панкратии продолжилось возрождение обители.
В августе 2005 года монастырь посетила делегация священнослужителей и прихожан Русской Православной Церкви Заграницей, потомков русских эмигрантов. Ее возглавил архиепископ Сиднейский и Австралийско-Новозеландский Иларион. Гости с интересом ознакомились с жизнью обители, с ходом восстановительных работ.
Престольный праздник 19 декабря 2005 года прошел особенно торжественно, к этой дате был приурочен 500-летний юбилей древнего монастыря, так как первое письменное упоминание о нем относится к 1505 году. Божественную литургию возглавил архиепископ Курский и Рыльский Герман (Моралин), после чего состоялся крестный ход. Гостями монастыря стали в тот день руководители Курской области и Рыльского района. В недавно отремонтированной трапезной были накрыты столы для гостей и паломников. В районном Доме культуры состоялся праздничный вечер, после которого были награждены меценаты монастыря.
В декабре 2006 года по ходатайству архиепископа Курского и Рыльского Германа Священный Синод Болгарской Православной Церкви передал монастырю частицу мощей преподобного Иоанна Рыльского. Святой особенно почитаем в Рыльске. По мнению некоторых историков, его десница была привезена болгарскими монахами в древности в город и хранилась в храме прп. Иоанна, построенном на горе, получившей название в честь этого святого. Рыляне издревле считают преподобного покровителем своего города. Игумен Панкратий во время паломничества в болгарский Рильский Рождества Пресвятой Богородицы монастырь получил ковчежец с частицей мощей преподобного Иоанна из рук настоятеля монастыря епископа Евлогия. Святыню торжественно встречали духовенство и верующие Рыльска. От горы Иоанна Рыльского ее пронесли крестным ходом в монастырь.
В 2007 году началось восстановление Крестовоздвиженского и Троицкого храмов обители, на них установлены купола, медная кровля, фасад зданий приобрел свой первозданный вид. В 2008 году закончены работы по газификации монастыря. В 2009 году открыта гостиница для паломников.
В сентябре этого года обитель посетил Предстоятель РПЦЗ митрополит Иларион, а летом 2010 года – архиепископ Берлинско-Германский и Великобританский Марк. Владыка Марк познакомился с архимандритом Ипполитом на Афоне и долгие годы поддерживал с ним дружеские отношения. Приехав в Курск с чудотворной иконой Божией Матери «Знамение» Курской Коренной и узнав, что его друг покоится в Рыльском монастыре, он пожелал посетить обитель и совершил литию на могиле отца Ипполита.
В течение 2011-2012 годов продолжались восстановительные работы в обители, приведены в надлежащий вид колокольня и трапезная. Благоустроена территория монастыря, восстановлена западная часть ограды.
В сентябре 2015 года настоятелем монастыря был назначен игумен Роман (Архипов). В 2015 - 2017 годах произведена внутренняя отделка Крестовоздвиженского храма, отделка нового келейного корпуса. В помещении старой трапезной была организована пекарня и открыта пирожковая для паломников.